微型医用离心机的作用原理有离心过滤和离心沉降两种。离心过滤是使悬浮液在离心力作用下产生的离心压力，作用在过滤介质上，使得液体通过过滤介质成为滤液，而固体颗粒则被截留在过滤介质表面，实现了液-固分离；离心沉降是利用悬浮液（或乳浊液）密度不同的各组分在离心力场中迅速沉降分层的原理，实现液-固（或液-液）分离。
常见的有食物油加工过程中的油－水分离、油－皂角分离，燃料油和润滑油净化过程中的油－水－渣分离。采用的离心机有碟式人工排渣离心机、碟式活塞排渣离心机。棕榈油、煤焦油、橄榄油净化中的油－水－渣分离，大多采用卧式螺旋卸料三相离心机。医药、食品、饮料中的液－液、液－液－固分离，由于处理量小，一般采用管式离心机。 由于液－液两相的含量不同，如轻相液量多、重相液量少，或轻相液量少，重相液量多，在碟式离心机中形成的液－液两相分离分界面的位置刚好落在碟片中心孔的位置上，这样的两相分布，分离效果较好。
此处轻、重两相分离后的取出流量与相界面的位置移动也有关系，如轻液取出量大时，相界面位置会向机器轴线中心移动，重相取出量大时，相界面位置会远离机器轴线中心，通常管式离心机和碟式离心机运行时均需通过机器的调整环来调整两相取出流量。
